Epigenetikai szolgáltatások
Vissza a Funkcionális analízisekhez
Epigenetikai szolgáltatások
 Az utóbbi évtized egyik nagy áttörést lehetővé tevő technikája a kromatin immunprecipitáció és annak különféle módosításai (Kuo, M.H. & Allis, C.D,1999 Methods 19, 425-433). Ezen technika segítségével a sejtekben megvalósuló fehérje-DNS kapcsolatok tanulmányozhatók. A ChIP (Chromatin immunoprecipitation) technológia jelentőségét az adja, hogy segítségével a fehérje-DNS interakciók a sejt natív, módosítatlan állapotában vizsgálhatóak.
Sokszor előfordul, hogy egy-egy tanulmányhoz csupán egyetlen jól meghatározott kérdést kell megvizsgálni, és ez a tapasztalat nem áll minden laborban rendelkezésre. Ebben az esetben tudunk segíteni, mint Magyarországon az első epigenetikai szolgáltató labor.
Szolgáltatásaink:
 |
Génközpontú vizsgálatok esetében egy adott gén vizsgált szakaszán meglévő fehérje-DNS kapcsolatokat tudjuk megvizsgálni. Kiindulási minta a sejtvonal vagy primer sejtkultúra. Egy adott fehérje jelenlétét tudjuk megvizsgálni egy előre meghatározott génszakaszon. A vizsgálat végpontja QPCR, azaz real time kvantitatív PCR mérés. Tipikus ChIP kísérlet esetén egy „ún.“ ChIP grade Antitest és egy bizonyítottan pozitív kontroll genomi kötőrégió megléte szükséges. Negatív kontrollként IgG kontrollt használunk.
|
 |
Teljes genomi megközelítés: Az utóbbi két év áttörése a ChIP Seq, azaz a kromatin immunprecipitációs termék szekvenálása nagy áteresztőképességű genom szekvenátorokon. Ebben a megközelítésben vállaljuk a megrendelő által előállított vagy a mi laboratóriumunkban elkészített DNS előkészítését, szekvenálását és az adatok elsődleges elemzését.
|
 |
MEDIP: Ebben az esetben teljes genomi DNS-ből antitesttel kiválasztjuk a metilált régiókat. Ezt a frakcionált DNS-t QPCR segítségével lokalizált genomi régiókon, vagy szekvenálással teljes genomi megközelítésben tudjuk megvizsgálni. Nagy előnye a metodikának, hogy izolált DNS-ből is elvégezhető, azaz korábban felállított DNS bankok mintái is vizsgálhatóak.
|
|
