A TLDA kártya adatelemzési folyamata:

1. Alapanalízis

Célja: annak ellenőrzése, hogy a kártyák működtek-e.

Minden futtatás után ellenőrizzük, hogy megtörtént-e az amplifikáció, az assay-k összességében megfelelő jelintenzitású görbét mutatnak. Ha hibás a kártya, vagy valamelyik minta nem működött azt rögtön jelezzük a partnerünknek, hogy a kísérleti tervet még időben módosítani lehessen.

Minden adat birtokában elkészítjük a részletes alapanalízist. Ennek lépései:

1. Az SDS szoftverbe egyszerre több kártya adatait importálni, majd analizálni.
2. Először soronként vizuálisan ellenőrizni az amplifikációs görbék meglétét és alakját.
3. Az aberráns amplifikációjú assay-k pozícióját feljegyezni.
4. Az analízist elvégezni, az adatokat exportálni txt formátumban.
5. Ebből excel fájlt készíteni.
6. Kiválogatni az „Undetermined“ értéket adó assay-ket.
7. Ezek az ún „failed assays“, melynek többféle magyarázata lehet:

a) „Failed assays1“. Bizonyos assay-k, bizonyos plate-eken a plate-ek együttes analízise után aberráns szignált eredményeztek. Ezeknél a dRn igen magas érték, általában 100 fölött, de ezekhez a well-ekhez Ct érték nem rendelhető. További analízis előtt a Ct adat törlése javasolt.

b) „Failed assays2“. dRn < 1
Egyedi plate analízis esetén jól megfigyelhető az aberráns amplifikációs görbe ezeknél az assay-knél.  Ezek valószínűleg hibás assay-k. További analízis előtt a Ct adat törlése javasolt.

Figyelni kell azokra az assay-kre is, amelyek az átlagosnál sokkal alacsonyabb dRn értéket adtak, mégha Ct érték van is mellette. Az amplifikációs görbén ilyen esetekben látszik a gyenge amplifikáció, ami lehet, hogy pontatlan mérést eredményez.

2. Normalizálás

Célja: az alapanalízis során kapott nyers Ct értékeknek a megfelelő normalizáló (housekeeping) génekkel történő normalizálása.

Mivel általában előre nem ismert, hogy az adott kísérleti rendszerben mely gének tekinthetők a legideálisabbnak normalizálás céljából, ezért minimum 3-5 gén alkalmazását javasoljuk. A leggyakrabban használt normalizáló génekről az ABI honlapján tájékozódhat.

A normalizáló gén kiválasztásához az Andersen et al. (2004), Cancer Research 64 5245-5250 cikkben leírt algoritmust alkalmazzuk.

3. Biostatisztika

Célja: a normalizált génexpressziós adatokból az adott kísérletben szignifikánsan eltérő gének azonosítása.

Az Integrált Adatbázis Készítés részben leírt alapelvek alkalmazásával a biostatisztika elkészítése, a partnereink számára emészthető, igény szerint publikációkész formában történő elkészítése és az eredmények konzultálása.