• Kezdőlap
  • Termékek
    • BioSan
    • BioSera
    • CovaLab antitestek, kitek és reagensek
    • GenScript termékek
    • GoldenGate BioScience
    • Sarstedt, TPP és Biocentrix műanyagáruk
    • UDG molekuláris biológiai kitek és reagensek ►
      • Fehérje technikák
      • Nukleinsav elektroforézis és blottolás
      • Nukleinsav izolálás és tisztítás
      • PCR & RT-PCR kitek és reagensek
      • Vegyszerek
      • Vektorok és klónozó reagensek
  • WEBSHOP
  • Szolgáltatások
    • Klinikai genomikai szolgáltatások
    • Funkcionális genomikai szolgáltatások ►
      • Kapilláris szekvenálás és fragment analízis
      • NGS - Új generációs szekvenálás
      • Real Time PCR
      • Epigenetika: MEDIP; ChIP-Seq.
    • Bioinformatikai szolgáltatások ►
      • Adatelemzés/ adatbányászat
      • Integrált Adatbázis készítés
    • Agrogenomikai szolgáltatások
    • Antitestekhez kapcsolódó szolgáltatások
    • Proteomika
    • Biobanking
  • K&F Projektek
    • Genomikai biomarkerek azonosítása, társdiagnosztikum fejlesztés
    • SCHIZO projekt
    • Immunprecipitációs kit fejlesztés
    • AMD kezelését célzó targetált ex vivo génterápia
    • Könnyproteomikai depletáló kit fejlesztése
    • MikroRNS mérés UPL alapú technikával
    • A transzglutamináz hasznosítása
    • Antitest termelő sejtvonal fejlesztés
  • Referenciák
    • Partnereink
    • Publikációk
  • Rólunk
    • Cégbemutató
    • Pályázataink
    • Céljaink
    • Karrier
    • Minőségirányítási rendszer
    • 2018-1.1.2-KFI-2018-00172
  • Elérhetőségek
  • Hun
  • Eng
DNS szekvenálás és fragment analízis

sequencing

Készülékünk:

A szekvenálás ABI PRISM® 3100-Avant Genetic Analyzer készülékkel történik, a futtatásokhoz a gyártótól (ABI) rendelt reagenseket használjuk, a mintafelvitelt az általuk megadott paraméterek szerint végezzük. A szekvenáló futás kapilláris elfo alapján történik. A szekvenálandó mintát egy PCR reakcióban fluoreszcensen jelölt dideoxi-NTP-kel kell jelölni, a reakcióban, a láncterminálás következtében különböző méretű jelölt fragmentek keletkeznek, amelyek a kapilláris elfo során elválnak. Az érzékelő ablakhoz érkező jelölt fragmentet lézer gerjeszti, a fluoreszcens jelet egy CCD kamera fogadja.

 

 

A szekvenálás:

PCR termék, plazmid, és gDNS minták szekvenálását vállaljuk. 600-700 bázis hosszúságig tudunk szekvenálni, a szekvenciák a hatszázadik bázisig megbízhatóak. A szekvenciákra garanciát vállalunk abban az esetben, ha a mintákról mellékelve megkapjuk a minőségi ellenőrzés adatait (agaróz gél fotó, OD ratio >1.7, koncentráció).

Minden polimer feltöltés után ellenőrizzük a készülékünk működését egy gyári kontroll minta futtatásával (310/377/3100/3100-Avant™/3130/3130xl Genetic Analyzer Sequencing Standards, BigDye® Terminator v3.1). Ezért ha a kontroll minta futása sikeres, de a megrendelőé hibás, nem vállalunk felelősséget a hibáért. A sikertelen illetve a megismételt szekvenálás költségeit a megrendelőnek kell vállalnia. Természetesen megpróbálunk tanácsot adni a hibás mintákkal kapcsolatban.

 

Általunk preferált, fogadott minták:

1. Szekvenálási reakció után tisztított, beszárított termék.

2. Kis mintaszám esetében a szekvenálási reakciót is vállaljuk, ebben az estben a DNS templátot és a primert kérjük.

PCR termék:    8ul 20ng/ul
Plazmid: 4ul 300ng/ul
Primer: 20ul   20ng/ul

 

Fragment analízis (mikroszatellita elemzés, genotipizálás):

Készülékünkön a D filterre van kalibrációval a következő festékeket tudjuk detektálni: 6FAM, HEX, NED, ROX. A futtatáshoz szükségünk van 5ul PCR termékre, amely tartalmazza a jelölt fragmenteket, illetve a Size Standard-ra 1ul/minta.

A fragment analízissel kapcsolatban felmerülő további kérdésekkel (kitek, reakció optimalizálás) kérjük forduljon az Applied Biosystems/LifeTechologies képviselőihez.

 

Minta előkészítés szekvenálásra:

PCR termék esetében fontos, hogy egy konkrét terméket használjunk templátként. Ha gélen futtatva több termék is látszik, akkor a megfelelő méretű terméket a gélből ki kell tisztítani.

Plazmidok esetében ügyeljünk arra, hogy a kultúránkat 1 klónból indítsuk.

Minden esetben ügyeljünk arra, hogy alkohol ne maradjon a mintában.

A szekvenáló PCR reakció során a mintákat jelölni kell ddNTP-kel, a reakcióban a primer párnak csak az egyik tagját kell használni. A jelölt terméket meg kell tisztítani a be nem épült ddNTP-től, majd be kell szárítani.

 

Eredmények:

 

I. Szekvenálás:

A futtatások eredményét mintánként két fájl tartalmazza. A ’seq’ kiterjesztésű a szekvenciát tartalmazza, ’txt’ fájlként megnyitható. Az ‘ab1’ kiterjesztésű fájl tartalmazza az elektroferogrammot, a következő ingyenes programokkal megnyitható.

• EditView software, Applied Biosystems (Macintosh OS 9.x, 1.5 Mbytes).

• FinchTV software (Macintosh OS X, Windows, Linux).

• 4Peaks (Macintosh OS X).

• Chromas software (Windows/DOS).

II. Fragment analízis:

Egy ’fsa’ kiterjesztésű fájl mintánként, amely az Applied Biosystems által forgalmazott programmal megnyitható Genotyping Software.

/Vissza a Funkcionális analízisekhez/

 

 

 

Elérhetőségek

 

UD-GenoMed Medical Genomic Technologies Kft.

Debreceni Egyetem, Klinikai Központ

4032 Debrecen, Nagyerdei krt. 98.
Elméleti Tömb 211. szoba
Iroda (közvetlen tel. szám): +36-52-314-372
Tel: +36-52-411-717 (54616)
Email: info@ud-genomed.hu

Ügyvezető igazgató: Dr. Kádas János

Mobil: +36-70-327-9896
Email: kadas.janos@ud-genomed.hu